Заказ на создание «Страшного суда» поступил от папы Павла III (Алессандро Фарнезе) спустя 25 лет после завершения Микеланджело росписи потолка Сикстинской капеллы. Это было в 1534 году, когда художнику было уже почти 60 лет, и он был признанным гением, однако возвращаться к фресковой живописи в таких масштабах ему пришлось неохотно, под сильным папским давлением.
Для создания новой фрески на алтарной стене потребовалось уничтожить существующие росписи XV века. Были замурованы два больших окна, а также утрачены фрески Перуджино (включая изображение Успения Богоматери и самого папы Сикста IV, основателя капеллы) и работы других мастеров раннего Возрождения. Это решение кардинально изменило архитектуру и освещение капеллы.

Микеланджело работал над фреской с 1536 по 1541 год, но не непрерывно. Работу прерывали различные события, включая его тяжёлую болезнь в 1540 году, когда он упал с лесов и повредил ногу, а также необходимость заниматься другими папскими проектами, такими как перепланировка Капитолийской площади. Тем не менее, гигантская площадь (около 200 кв.м.) была расписана им в основном лично, с минимальной помощью учеников.
Дух времени сильно повлиял на замысел. «Страшный суд» создавался в период глубокого кризиса католической церкви (Реформация, Разграбление Рима в 1527 году). Это отразилось в мрачном, апокалиптическом и лишённом прежней гармонии настроении фрески. Христос здесь не милосердный Спаситель, а грозный Судья, а фигуры охвачены смятением и ужасом, нет ощущения упорядоченности, присущего потолку.
Композиция фрески новаторски лишена традиционных разделений на небеса, землю и ад по горизонтали. Микеланджело создал мощный круговорот фигур, вращающихся вокруг центральной фигуры Христа-Судии. Взметнувшиеся вверх праведники и низвергающиеся в бездну грешники создают динамичную спираль, подчёркнутую жестами и взглядами персонажей.
Образ Христа уникален. Он изображён безбородым, молодым и атлетически сложенным (аполлонический тип), но его жест поднятой правой руки, обрушивающий проклятие на грешников, исполнен гнева и мощи. Он не восседает на троне, а словно парит в воздухе, окружённый святыми и ангелами, несущими орудия Его Страстей.
Рядом с Христом выделяется фигура Девы Марии. В отличие от традиционных изображений Страшного суда, где она заступнически взирает на Сына, здесь Мария изображена склонённой и как бы отворачивающейся от сцены возмездия. Её поза выражает смирение и скорбь, подчёркивая беспощадность момента Суда.

Среди сонма святых, окружающих Христа, Микеланджело изобразил множество узнаваемых персонажей. Особо значимы фигуры святых покровителей заказчиков: Святой Варфоломей (держит нож и свою кожу - символ мученичества, его покровителем был папа Павел III) и Святой Лаврентий (с решёткой - его покровителем был дед папы). Их присутствие было формой почитания семьи Фарнезе.
Святой Варфоломей держит в левой руке свисающую кожу, содранную с него при мученичестве. На этом куске кожи Микеланджело написал искажённый автопортрет. Это один из самых загадочных и мрачных автопортретов в истории искусства, интерпретируемый как символ страдания художника, его чувства духовной опустошённости или искупления через муки творчества.
В нижней правой части фрески, в сцене переправы душ в ад на ладье Харона, изображён грешник, которого демон тащит за гениталии. Широко распространено мнение, что это карикатура на церемониймейстера папы Павла III, Бьяджо да Чезену, который публично критиковал обилие наготы во фреске, называя её позорной для папской капеллы.
Месть Микеланджело Бьяджо да Чезене была ещё более прямой. Он изобразил его в самом низу фрески, в аду, в образе Миноса, царя мертвых (с ослиными ушами - символом глупости). Минос обвит огромной змеёй, кусающей его в гениталии. Даже папские просьбы не заставили Микеланджело изменить этот образ, а Бьяджо жаловался папе, что его "бесчестят на весь мир".
Скандал, вызванный обилием обнажённых тел (включая святых и даже Христа в момент Суда), разгорелся сразу после открытия фрески в 1541 году. Критики считали изображения непристойными и неуместными для главной папской капеллы. Этот спор, известный как "спор о фиговом листке", длился десятилетия.

Давление на папу с требованием "прикрыть наготу" усилилось после Тридентского собора (1545-1563), осудившего "непристойности" в религиозном искусстве. В 1564 году, уже после смерти Микеланджело, папа Пий IV поручил художнику Даниэле да Вольтерра написать драпировки поверх наиболее "соблазнительных" частей тела. За эту работу он получил уничижительное прозвище "Il Braghettone" ("Штаник" или "Заплаточник").
Драпировки Даниэле да Вольтерры - лишь часть записей. В последующие века (особенно в XVII-XVIII вв.) другие художники по распоряжению пап добавляли всё новые "прикрытия", особенно усилившиеся после указа папы Климента VIII в 1596 году. Количество "исправленных" фигур достигло нескольких десятков, что значительно исказило первоначальный замысел.
Во время последней масштабной реставрации Сикстинской капеллы (1980-1994) реставраторы столкнулись с дилеммой: удалять ли позднейшие записи с «Страшного суда». Было решено сохранить драпировки Даниэле да Вольтерры как историческое свидетельство эпохи Контрреформации, но удалить некоторые более поздние и менее качественные наслоения. Это частично вернуло фреске её первоначальный вид.
Реставрация выявила, что Микеланджело использовал чрезвычайно яркую палитру, особенно насыщенные синие (дорогой ляпис-лазурь) и интенсивные розовые тона, которые веками скрывались под слоями копоти и пожелтевшего лака. Также стали видны многочисленные пентрименти (изменения в композиции, сделанные по сырой штукатурке), свидетельствующие об эволюции замысла.
В отличие от потолка, написанного в основном в технике "буон фреско", Микеланджело при создании «Страшного суда» широко использовал доработки "а секко" (по сухой штукатурке), особенно для насыщенных синих и зелёных участков, а также для деталей. Эта техника менее долговечна, что стало одной из причин более сильного повреждения и выцветания некоторых участков фрески по сравнению с потолком.

На фреске присутствует редкая для Микеланджело подпись. На ленте (картуше) у ног Христа различима надпись, выполненная в технике гризайли: "MICHEL.A[N]GELVS BONAROTVS FLORENT[INVS] FACIEBAT" ("Микеланджело Буонарроти, флорентиец, делал"). Это не просто подпись, но и указание на незавершённость (лат. "faciebat" - делал, в процессе), возможно, отражающее его неудовлетворённость или вечное стремление к совершенству.
Современник и биограф Микеланджело, Джорджо Вазари, оставил восторженное описание фрески сразу после её открытия. Он особо отмечал невероятную анатомию фигур, их экспрессию и ужасающую мощь композиции, называя её "образцом для всех художников", несмотря на критику со стороны других.
Один из ангелов в центре композиции, справа от Христа, держит две книги: большую (Книгу Жизни для праведников) и маленькую (для грешников). Рядом с ним группа ангелов трубят, возвещая о начале Суда. Их напряжённые позы и развевающиеся одежды передают невероятное динамическое напряжение момента.
В левом нижнем углу фрески изображены воскресающие из могил мёртвые. Их фигуры показаны в процессе мучительного преображения - от скелетов до плоти, что символизирует всеобщее воскресение перед Судом. Микеланджело мастерски передаёт физическую и духовную муку этого перехода от смерти к новой жизни или вечному осуждению.
Облако, на котором восседают апостолы и святые рядом с Христом, имеет интересную деталь. В его складках угадывается форма папской тиары и ключей Святого Петра - намёк на герб папы Павла III Фарнезе, заказчика фрески. Такие скрытые знаки почитания покровителя были характерны для эпохи.

Несмотря на цензуру, «Страшный суд» оказал огромное влияние на развитие европейского искусства, особенно на художников маньеризма и барокко. Его драматизм, динамика, сложные ракурсы и эмоциональная напряжённость стали источником вдохновения для многих поколений, закрепив за Микеланджело славу величайшего мастера.
